广药总院实行理事会领导下的院长负责制，下设有综合管理中心、行政管理中心、技术中心、资产管理部、财务审计部、保障服务部等职能部门；下设有化学药研究分院、生物医药研究分院、中药与天然药物研究分院、大健康产品研究分院等分支机构和总院本部公共服务平台，其中，公共服务平台由本部直属的药物非临床评价研究中心、实验动物研究开发中心、药物分析研究开发中心、药物制剂研究开发中心、创新药物研究开发中心、天然药物研究开发中心等六大研发中心构成。